Proses demokrasi di Indonesia telah memasuki tahap perkembangan yang sangat penting. Perkembangan itu ditandai dengan berbagai perubahan dan pembentukan institusi atau lembaga baru dalam sistem dan struktur kekuasaan negara.
Perkembangan ini merupakan hasil koreksi terhadap cara dan sistem kekuasaan lama sebagai akibat tuntutan reformasi serta aspirasi keadilan yang berkembang di masyarakat, sekaligus sebagai upaya untuk mendorong terwujudnya cita-cita negara demokrasi, tegaknya hak asasi manusia dan hukum yang berkeadilan, serta pemerintahan yang bersih dan bertanggung jawab.
Jika memeriksa dan menelusuri kembali seluruh hasil perubahan UUD 1945 terdapat lembaga-lembaga seperti Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR), Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), Dewan Perwakilan Daerah (DPD), Presiden dan Wakil Presiden, Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), Mahkamah Agung (MA), Mahkamah Konstitusi (MK), dan Komisi Yudisial (KY), dan selain itu disebutkan pula adanya Pemerintahan Daerah, Kepolisian Negara Republik Indonesia dan Tentara Nasional Indonesia, Komisi Pemilihan Umum (KPU), Bank Sentral (keduanya tercetak dengan huruf kecil dalam UUD) dan Dewan Pertimbangan Presiden.
Kecuali untuk Bank Sentral dan Dewan Pertimbangan Presiden, ketentuan mengenai kewenangan lembaga-lembaga tersebut cukup terperinci di dalamnya, maupun yang hanya diatur secara umum dalam UUD.
Berdasarkan pengalaman sejumlah negara di Amerika Latin untuk membatasi dan mengendalikan kekuasaan Presiden, mereka menuntut UUD atau badan Legislatif membentuk lembaga atau badan independent yang dibiayai dana publik, begitu juga di negara Republik Indonesia.
Untuk membatasi kekuasaan eksekutif ada lembaga-lembaga yang diatur menurut Undang-Undang Dasar 1945. Di Amerika Serikat, tercatat tidak kurang dari 30 badan khusus dan relatif independen untuk menjalankan fungsi yang bersifat semiyudisial dan semilegislatif.
Di sejumlah negara di Asia dan Afrika, seperti Thailand, Filiphina, dan Afrika Selatan, dan pembentukan komisi-komisi independen terjadi seiring dengan perkembangan demokrasi dan perubahan konstitusi di negara masing-masing.
Presiden Republik Indonesia memegang kekuasaan pemerintahan menurut Undang-Undang Dasar. Dalam melakukan kewajibannya Presiden dibantu oleh seorang wakil Presiden dan keduanya memegang masa jabatannya selama masa lima tahun dan sesudahnya dapat dipilih kembali. Presiden dibantu oleh menteri-menteri negara.
Yang dimaksud dengan Menteri-menteri negara ialah baik menteri yang memimpin sesuatu departmen pemerintahan, maupun menteri yang tidak memimpin sesuatu Department Pemerintahan.
Ketentuan yang terakhir demikian itu timbul dan terpelihara dalam praktek penyelenggaraan pemerintahan negara, meskipun tidak tertulis. Presiden selaku Kepala negara dan kepala pemerintahan memegang kekuasaan tertinggi atas lembaga-lembaga lainnya dan kekuasaan-kekuasaan Presiden ialah konsekuensi dari kedudukan Presiden sebagai kepala negara.
Presiden dengan persetujuan Dewan Perwakilan Rakyat menyatakan perang, membuat perdamaian dan perjanjian dengan negara lain serta Presiden menyatakan keadaan bahaya syarat-syarat dan akibatnya keadaan bahaya ditetapkan dengan Undang-Undang.
Perubahan UUD 1945 yang cukup signifikan dan mendasar bagi penyelenggaran demokrasi yaitu pemilihan Presiden dan Wakil Presiden secara langsung. Presiden dan wakil Presiden dipilih secara langsung oleh rakyat melalui pemilihan umum.
Pemilihan secara langsung untuk Presiden dan wakil Presiden akan memperkuat legitimasi seorang Presiden sehingga Presiden diharapkan tidak mudah untuk diberhentikan ditengah jalan tanpa dasar yang memadai, yang bisa mempengaruhi stabilitas politik dan pemerintah secara aktual.
Presiden memegang kekuasaan pemerintahan dibantu wakil presiden. Sebagaimana ditegaskan dalam UUD Negara Republik Indonesia, kewenangannya meliputi memegang kekuasaan pemerintahan menurut UUD (Pasal 4 ayat (1)); mengajukan RUU kepada DPR (Pasal 5 ayat (1)); menetapkan peraturan pemerintah (Pasal 5 ayat (2)); memegang kekuasaan tertinggi atas angkatan darat (AD), angkatan Laut(AL), dan angkatan udara (AU) (Pasal 10); menyatakan perang, membuat perdamaian, dan perjanjian dengan negara lain dengan persetujuan (DPR).
Pasal 11 ayat (1); menyatakan keadaan bahaya (Pasal 12); mengangkat duta dan konsul (pasal 13 ayat (1)); memberi grasi dan rehabilitasi dengan memperhatikan pertimbangan DPR (Pasal 14 ayat (2)); memberi gelar, tanda jasa, dan lain-lain tanda kehormatan yang diatur dengan UU (Pasal 15); membentuk suatu dewan pertimbangan yang bertugas memberikan nasihat dan pertimbangan kepada Presiden, yang selanjutnya diatur dalam UU (Pasal 16); mengangkat dan memberhentikan para menteri.
Pasal 17 ayat (2); membahas dan melakukan persetujuan bersama dengan DPR setiap rancangan undang-undang (Pasal 20 ayat (2)); mengesahkan rancangan Undang-Undang yang telah disetujui bersama untuk menjadi UU (Pasal 20 ayat (4)); menetapkan peraturan pemerintah sebagai pengganti Undang-Undang (Pasal 22 ayat (1)); mengajukan RUU Anggaran pendapatan dan belanja negara untuk dibahas bersama DPR dengan memperhatikan pertimbangan DPD.
Pasal 23 ayat (2)); meresmikan anggota BPK yang dipilih oleh DPR dengan memperhatikan pertimbangan DPD (Pasal 23F ayat (1)): menetapkan hakim agung yang diusulkan Komisi Yudisial kepada DPR (Pasal 24 ayat (3)); mengangkat dan memberhentikan anggota komisi Yudisial dengan persetujuan DPR (Pasal 24B ayat (3)); dan menetapkan sembilan anggota hakim konstitusi yang diajukan tiga orang oleh MA, tiga orang oleh DPR, dan Tiga orang oleh Presiden (Pasal 24C ayat (3)).
