Penyalahgunaan wewenang sebelumnya pernah dimuat dalam pasal 53 UU PTUN sebelum perubahan. Dasar penyalahgunaan wewenang sendiri menjadi salah satu alasan untuk melakukan gugatan ke PTUN. Konsepsi penyalahgunaan wewenang menurut pasal 53 UU PTUN, yakni badan atau pejabat tata usaha negara yang menggunakan wewenangnya untuk tujuan lain dari maksud diberikannya wewenang tersebut. Tolak ukurnya adalah asas spesialitas.
Penyalahgunaan wewenang (detournement de pouvoir) berbeda dengan tidak berwenang maupun larangan berbuat sewenang-wenang. Tidak berwenang diartikan dengan onbevoegdheid, baik tidak berwenang menurut wilayah maupun waktu.
Sedangkan larangan berbuat sewenang-wenang (willikeur) diartikan badan atau pejabat tata usaha negara ketika mengeluarkan atau tidak mengeluarkan keputusan harus mempertimbangkan segala kepentingan yang terkait, adapun tolak ukurnya adalah asas rasionalitas (masuk akal).
Semenjak UU PTUN mengalami 2 (dua) kali perubahan, terutama perubahan pertama menjadi UU No. 9 Tahun 2004, pasal 53 merupakan salah satu pasal yang juga ikut mengalami perubahan. Perubahan yang semula dalam pasal 53 memuat syarat diajukannya gugatan demikian berubah, yakni suatu surat keputusan tata usaha negara (KTUN) yang dapat digugat itu dianggap bertentangan dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku dan asas-asas umum pemerintahan yang baik.
Rezim penyalahgunaan wewenang dalam UU PTUN yang semula dinormatifkan dalam UU PTUN menjadi lenyap dalam perubahan UU PTUN. Sirnanya penyalahgunaan wewenang dalam UU PTUN tersebut bukan berarti penyalahgunaan wewenang secara strict tidak lagi dapat dijadikan alasan untuk mengajukan gugatan ke PTUN. Frasa “dapat” dalam pasal 53 tersebut membuka kemungkinan untuk mengajukan gugatan penyalahgunaan wewenang ke PTUN.
Setelahnya diikuti dengan lahirnya UU Administasi Pemerintahan (UU AP) mengenai penyelesaian sengketa penyalahgunaan wewenang ditegaskan menjadi ranah kompetensi absolut PTUN, pengaturan penyalahgunaan wewenang dimuat dalam pasal 17, 18, 19, 20, dan 21.
Penegasan penyelesaian sengketa penyalahgunaan wewenang ini bukan berarti tidak meninggalkan persoalan sama sekali, justru hal ini semakin memperumit penegakan hukum terhadap sengketa penyalahgunaan wewenang, baik dalam ranah administrasi maupun ranah pidana.
UU AP sebagai UU yang memiliki semangat rezim hukum administrasi menemui pertentangan jika berhadapan vis a vis dengan penyalahgunaan wewenang dalam UU Tipikor. Menelisik pasal 3 UU Tipikor, telah dinyatakan mengenai pejabat yang menyalahgunakan wewenang dapat diancam dengan delik korupsi. Dualisme hukum terjadi terhadap penyelesaian sengketa penyalahgunaan wewenang, baik kompetensi PTUN maupun Pengadilan Tipikor.
Pengaturan yang berbeda terjadi dalam dua UU, baik UU AP maupun Tipikor. UU AP mengatur bahwa penyelesaian penyalahgunaan wewenang ke PTUN namun tentunya setelah didahului oleh pemeriksaan oleh Aparat Pengawas Internal Pemerintah (APIP). Hasil audit APIP dapat dijadikan bahan adanya indikasi telah terjadi penyalahgunaan wewenang dalam suatu instansi atau lembaga pemerintah.
APIP yang dimaksud adalah BPKP, Itjen, Itwilprop, Itwil kabupaten/kota, tidak termasuk BPK. Pemeriksaan oleh APIP tentunya hanya berkonsekuensi hukum administrasi, berupa teguran, peringatan, dan administratif. Lain halnya penyalahgunaan wewenang dalam UU Tipikor berkonsekuensi hukum pidana, ancaman sanksi penjara, pengembalian kerugian keuangan negara tidak menghapus sifat melawan hukumnya.
Pasal 3 UU Tipikor merupakan pasal yang khusus digunakan untuk menjerat pejabat yang menyalahgunakan wewenang. Muncul persoalan ketika dipertanyakan konsepsi penyalahgunaan wewenang dalam UU Tipikor, UU Tipikor sendiri tidak mengatur sama sekali mengenai definisi maupun batasan penyalahgunaan wewenang.
Justru batasan maupun definisi diatur dalam UU AP, bahkan sampai mekanisme dan hukum acara penyelesaiannya juga diatur dalam UU AP. UU Tipikor mendapatkan pertentangan hebat ketika muncul penerapan dalam praktik perkara korupsi (penyalahgunaan wewenang), rezim hukum manakah yang akan dipergunakan? Terdapat beberapa permasalahan yang muncul, yakni sebagai berikut:
1. UU Tipikor meminjam istilah penyalahgunaan wewenang, artinya terjadi kekosongan hukum dalam UU Tipikor, demikian sebaliknya UU AP telah merumuskan secara jelas mengenai penyalahgunan wewenang dan hukum acara penyelesaiannya, berkonsekuensi terjadi tumpang tindih atau titik singgung antara kompetensi Pengadilan Tipikor dan PTUN dalam penyelesaian sengketa penyalahgunaan wewenang;
2. Penggunaan teori hukum bersama antara hukum administrasi dan hukum pidana, PTUN dan Pengadilan Tipikor. Penerapan teori hukum bersama harus dibangun kesepahaman dalam pemilahan secara cermat di antara persinggungan dengan aspek-aspek hukum admnistrasi diselesaikan melalui PTUN, sedangkan persinggungan dengan aspek-aspek hukum pidana diselesaikan melalui Pengadilan Tipikor;
Segi positif keberadaan UU AP secara politik hukum tidak dimaksudkan untuk menimbulkan kegaduhan hukum yang terjadi baru-baru ini, terhadap adanya kecurigaan dari upaya legislatif untuk merevisi UU KPK.
Semangat UU AP yang secara negatif merupakan UU yang hadir untuk mempreteli pemberantasan korupsi mungkin merupakan jalan berputar yang diambil oleh legislator untuk melancarkan usahanya dalam memperlemah pemberantasan korupsi yang jika menyerang langsung ke objek sasarannya, yakni UU KPK maupun Tipikor diyakini akan semakin menelanjangi citra buruk lembaga legsiatif di mata publik yang sebaliknya publik akan melawan terhadap upaya pelemahan tersebut.
Di lain pihak, keberadan UU AP menjadi angin segar bagi pelaksana kebijakan (eksekutif) menghadapi persoalan di lapangan ketika berhadapan dengan keadaan yang dituntut untuk menjalankan kebijakan demi melayani dan mewujudkan kesejahteraan rakyat sehingga merasakan adanya perlindungan hukum tidak harus khawatir dari ancaman delik korupsi dalam UU Tipikor.
